Да, стоит убедиться, что все ролики хорошо протягивают лист, и он нигде не проскальзывает. Что подшипники все в норме,.. по этому поводу очень интересно: пробег аппарата какой и пробег дуплекса какой? ...Еще были приколы с выгнутыми дуплексами, оторванными креплениями роликов протяжки в дуплексе. Ка...

control board (форматер): разьем на USB, что на морду сабжа выведен.
плата сканера: разьем на движок.
физически абсолютно одинаковы,
если перепутать, то ошибка С3100.

А кромку листа не мнет? И для начала надо все ролики протереть платенклином.

Ткнуть тестером в муфту подачи и глянуть, может быть нет в момент захвата листа напряжения на муфте.

...а ещё можно муфту вывести отдельно в месте с роликами и осями, и посмотреть кто там щелкает,.. кто крутится и кто не крутится (естественно шестерню от руки проворачивать нужно будет)

Да. А потом ты говорил, что щелчок слышен, а ролики не крутятся.
Думать не нужно, - нужно проверить. Тестером или руками уже. Может быть муфта не срабатывает, и может это не она щелкает.
...А то по твоей логике получается - "нужно менять узел подачи, но это не точно"