С чего вдруг разными-то?
Одна и та же головка и со стекла сканирует и она же становится под стеклянную щель при сканировании с автоподатчика. Где ещё одна?
Вторая головка есть только в самом автоподатчике, но она используется только при автоматическом двустороннем сканировании/копировании.
Пробовали делать двустороннее сканирование с автоподатчика?
Если головка в самом автоподатчике рабочая, то на сканах должны чередоваться чёрные и нормальные страницы.